Горизонтальный перенос генов способствует значительному ускорению эволюционного процесса, по сравнению с более длительной передачей генов из поколения в поколение (по сравнению с вертикальным переносом). Выработанная устойчивость к антибиотику одним штаммом бактерий из-за изменения генетического материала в дальнейшем с помощью горизонтального переноса, например, может быть быстро передана всем другим контактирующим бактериям. В этом случае ученые даже говорят о размытии понятия вида в случае организмов, способных к горизонтальному переносу. Ведь у высших организмов передача генетического материала между разными видами ограничена, что позволяет видам эволюционировать в разных направлениях. А у низших организмов горизонтальный перенос может осуществляться между разными видами.