Лично мне пока больше всего нравится 5-ая. 6-ая тоже ничего, но за счет того, что они ушли глубже в специализацию городов (что тоже неплохо), появилось больше ограничений в развитии... Плюс 6-ая достаточно сильно отличается от всей серии, так что с непривычки пересесть на нее с предыдущих версий сложно.
Третья цивилизация - лучшая, я бы сказал, классический вариант. До сих пор иногда играю. Четвертая не зашла, пятая неплохая, но до уровня третьей не дотянула.