В зависимости от того, на какой системе налогообложения вы находитесь и будет определяться, как и какие налоги вы будете платить.
Вы на ОСНО с НДС 20% или вы на УСН? Если вы самостоятельно пробуете вникать в налоги, то идите сразу на курсы бухгалтера, но лучше наймите удаленного, это вам обойдется в районе 5-20 т.р. в месяц в зависимости от объема.
В основном учитываются налоги на прибыль, пенсионные отчисления, фонд социального страхования, налоги на имущество компании, подоходный налог.
Сдается все через систему СКБ Контур или Такском, у них приобретаете электронную подпись - ЭЦП.