Смотря какие предметы вы собираетесь конспектировать, если речь идет о гуманитарных предметах, то, на мой взгляд, практичнее пользоваться ноутбуком, так как текст будет выглядеть читабельнее (особенно это актуально для людей с неразборчивым подчерком), да и как заметили выше, редактировать такой текст проще.
Если говорить про такие предметы как матанализ, диффуры и остальные предметы из разряда математики/физики, то опыт показывает, что конспектировать такие предметы удобнее всего рукописно, так как ввод огромного количества формул в компьютер занимает очень много времени, что снижает скорость печати, и, соответственно, увеличивается вероятность того, что ваш конспект в итоге окажется неполным.