Газ нельзя рассматривать как набор шариков, газ следует рассматривать как целое тело. При попадании столба газа в гравитационное поле создастся градиент давления, и, действительно, температура внизу повысится, но это повышение будет обусловлено сжатием газа, а не увеличением кинетической энергии отдельного атома в гравитационном поле.
Далее нагретый газ начнет излучать и греть весь объем газа, так что вскорости температура выровняется. Но даже если этого не произойдет, как только вы начнете отбирать энергию, газ начнет охлаждаться, пока не достигнет 0 кельвинов. И это будет энергия гравитационного поля, сжавшая газ. Процесс не бесконечный, никакого нарушения законов сохранения не будет.