Если сознание находится буквально в мозге, значит ли это, что у мыслей и эмоций есть пространственные координаты?

Пока нет конкретных подтверждений, где именно находится сознание. Но тот факт, что мозг играет здесь какое-то значение - имеет место быть :)

Мысли - это цепочки возбужденных нейронов, по которым проходит электрический импульс. Цепочки нейронов формируются из соединения отдельно взятых нейронов. Те или иные нейроны соединяются или не соединяются в цепочку в зависимости от наличия или отсутствия тех ил иных нейротрансмиттеров.

Эмоции - это биохимия мозга. Биохимия - это наличие или отсутствие конкретных гормонов и нейротрансмиттеров в межклеточной жидкости. И здесь, вероятно, вы правы, говоря о координатах, потому что химический состав не является однородным в объеме головного мозга. Однако, сегодняшний уровень развития не позволяет в реальном времени производить такие замеры.

Важно также, что различное эмоциональное состояние - различная биохимия - обеспечивает различную топологию протекания мыслительных процессов. Поэтому, находясь в разных эмоциональных состояниях, мы по-разному думаем об одном и том же предмете, событии, явлении.

При этом, хотя и известны координаты отделов мозга, отвечающих за те или иные операции, "координаты конкретных мыслей" будут зависеть еще и от физиологического состояния человека.

Скорее всего, сегодня можно с достаточной долей уверенности говорить только о конкретных областях мозга, обеспечивающих конкретную активность у конкретного человека при его конкретном состоянии в конкретный период времени. 

Для того же, чтобы найти способ определить точные координаты любой мысли, вероятно, потребуется проведение длительных и комплексных исследований.

С рефлексами все проще. Здесь соответствующие координаты дает Гомункулус Пенфилда :)

Удачи вам!