Если при гриппе организм повышает температуру тела, чтобы не погибнуть от вирусов, почему он не учитывает то, что от высокой температуры тоже можно умереть, но продолжает её повышать?

"Высокая температура" - понятие очень размытое. Здесь имеют значение конкретные цифры. Большинство вирусов и бактерий погибает уже при 40 градусах, человеческий организм же может существовать и при 42-43 без колоссальных потерь.