Если перевести сотрудников на самозанятость, то как с ними строить взаимодействие? - О каком переводе речь? Сотрудников действующих в самозанятые нельзя переводить -прямая норма закона. Ваш бывший сотрудник может стать по отношению к вам самозанятым только если с даты увольнения прошло не менее 2-х лет. САмозанятость -это про результат работы, а не про ставки)
Ставку устанавливает работодатель или обсуждается по каким либо критериям специалиста. Заключаете договор на производство определённых работ или на время и работаете.