На эту тему идет гигантская правовая дискуссия. В уставе ООН записаны оба этих права, а приоритет по большом счету не указан. Де-факто мы видим, что в последние полвека народ, упорно борющийся за свою независимость, обычно ее получает, и, таким образом, право на самоопределение превалирует. Мы видели множество случаев такого рода, которые - сразу или сильно позже - но более-менее всеми признавались. Впрочем, есть и обратные случаи, когда борющийся за независимость народ насильно загоняют в рамки существующих границ. Например, курды. Их проблема была в том, что Турция была членом западного блока, а без признания справедливости национально-освободительной борьбы со стороны западных держав эта борьба очень редко может оказаться успешной. А если и окажется, то не получит международного признания (абхазы).
Курдам не повезло, что они борются против (почти) демократического государства с рыночной экономикой, которое является союзником Запада. Шансов в Турции у них почти нет. Зато в Ираке после свержения Садама, они сразу получили автономию.
А вот народы СССР или Югославии боролись против главного оппонента Запада, еще и диктатуры, и, конечно, сочувствия им у западного общественного мнения было гораздо больше. Сейчас то же можно сказать про Китай: случись там национальное восстание - оно довольно быстро найдет сочувствие на Западе.
В конечном счете, национально-освободительная борьба побеждает в странах-противниках Запада и проигрывает в странах, которые ему лояльны. На первый взгляд, это несправедливо: как правило, применяется тот принцип, который в данный момент удобнее западному центру силу. Но Запад исходит из того, что любые национальные проблемы можно решить демократическим путем (как, например, это происходит в Испании). Если дела пойдут совсем плохо, мировое сообщество вмешается.
По этой логике, в государствах, где система недемократическая, народы лишены легальных механизмов борьбы за свои права и вынуждены начинать вооруженную борьбу. Эта логика, конечно, внеправовая, но, по крайней мере, внутренне непротиворечивая и понятная. Ну и ясно, что если переводить эти рассуждения в совсем уж практическую плоскость, — ты никогда не будешь подрывать территориальную целостность союзника во имя права наций на самоопределение или любой другой абстракции