Возможно ли сохранять доброжелательные отношения и в тоже время оставаться независимым в принятии решений? .

Возможно, но для этого необходимо желание обоих. Если даже один не хочет - не получится, не говоря уже о том, когда не хотят оба. При этом каждый про себя может думать, что он точно хочет, но при возникновении соответствующей ситуации не идти на встречу партнеру из-за, как вы написали, уязвленного самолюбия.

Искренняя доброжелательность предполагает наличие в человеке достоинства и самоуважения. Тогда даже если выбор или неприятие другого огорчает, он не будет чувствовать себя ущемленным, задетым, обделенным, в связи с чем обычно возникают конфликты.  

И важно, чтобы под видимой доброжелательностью не скрывалось  желание выгоды. Когда человек притворяется, улыбается, не договаривает, чтобы добиться своего или сохранить что-то значимое без ущерба для себя. Например, из страха потери контакта, страха отвержения маскируются истинные чувства, порывы и стремления.

Также, имеет значение какие именно отношения рассматриваются. Если это семейный союз, то хорошо бы поразмышлять, не является ли желание быть независимым личной неудовлетворенностью. Причина которой собственное ограничивающее убеждение, например, что в семейных отношениях невозможно чувствовать свободу.  

В этом случае помехой кажутся отношения, когда в действительности человек сам себя ограничивает. И находясь в любых отношениях, в любых обстоятельствах он будет считать, что кто-то или что-то мешает ему. И тут можно менять жену/мужа, работу, место жительства, город, страну, но человек всегда будет находить причину вовне, по которой не может чувствовать себя свободно. Пока не разберется с тем, что у него внутри.