Возможно ли сохранять доброжелательные отношения и в тоже время оставаться независимым в принятии решений? .

Абсолютной независимости не существует в принципе. Все зависимы друг от друга в той или иной мере. И уж конечно так или иначе зависимы друг от друга люди, между которыми есть отношения, причём не важно какого рода эти отношения. Будь это дружба или любовь, или, например, отношения коллег или отношения начальника и подчинённого - не важно: как только эти отношения возникают тут же возникает и зависимость. С этим ничего сделать нельзя. Это надо просто принять как факт. Соответственно, принимая какое-то решение, вы можете влиять на человека, с которым находитесь в отношениях. И это, в свою очередь, может влиять на эти отношения. Практически невозможно принимать только такие решения, которые не влияют на ваши отношения и даже если бы это было возможно - это тоже своего рода ограничение, т.е. это противоречит вашей независимости. 

В общем, я хочу сказать, что стремление к независимости в решениях - это достаточно утопично. Вы зависимы по факту и вместо того, чтобы пытаться достичь невозможного, следует, наверное, просто принимать во внимание последствия своих решений, в т.ч. и для отношений, которые вам важны. Тут могут помочь некоторые моменты.

Во-первых, можно заранее предусмотреть то, что следствием некоторых ваших решений будет конфликт интересов с человеком, с которым вы находитесь в отношениях. Это неизбежно и рано или поздно это произойдёт. Поэтому можно заранее установить некоторые правила общения, чтобы помочь вам сохранить отношения, причём именно доброжелательные. Например, вы заранее можете договориться, что не можете использовать свое служебное положение, чтобы помочь в чём-либо вашему партнёру. Тогда он не будет ожидать от вас поблажек и, например, некоторые решения по работе не в его пользу будут ему понятны, хоть, может, и неприятны. Или, например, вы можете договориться, что по определённому кругу вопросов вы будете ставить друг друга в известность до того, как будет принято решение. Это необязательно означает, что после такого общения вы поменяйте решение, но то, что ваш партнёр узнает ситуацию раньше других, может решить множество проблем. В общем, определённые правила общения могут предотвратить ухудшение отношений в результате конфликта интересов, который, как я уже сказал, неизбежен  рано или поздно.

Второй момент - это как разрешить возникший конфликт. Об этом тоже можно подумать заранее и даже договориться о каких-то вещах. Например, можно договориться в случае такого конфликта или если, например, ваш партнёр узнает о вас что-то плохое с его точки зрения или, наоборот, вы о нём что-то узнаете, не дёргаться, не принимать поспешных решений, не верить всему на слово третьим лицам, а, прежде всего, встретиться лицом к лицу и открыто обсудить ситуацию: как она выглядит с точки зрения каждого из вас, какие у вас претензии друг к другу, какие есть возможности для разрешения конфликта. Некоторые проблемы могут уйти сразу, если они возникли в результате недостоверной информации или недопонимания. Другие проблемы могут существовать реально, но , в результате обсуждения, может измениться взгляд на них у каждого из партнёров. Наконец, даже если конфликт есть, можно найти выход из положения. Главное - не потерять доверия друг к другу. Конфликты возникают и ошибки совершаются - от этого никуда не деться, но важно совершаются они со злым умыслом против партнёра или по другой причине. Если такого умысла не было или если просто не было другого выхода, то с этим можно работать и сохранить отношения.

В общем, резюмируя, нужно признать, что ваши решения не будут полностью независимыми от ваших отношений и наоборот. Также следует понимать, что конфликт интересов неизбежен и рано или поздно произойдёт. К счастью, прочность отношений и их доброжелательность зависят не столько от наличия конфликтов, сколько от наличия доверия друг к другу и взаимного стремления эти самые отношения сохранить. Если эти отношения ценны для обоих партнёров, то их можно поддерживать вне зависимости от наличия конфликтов время от времени. В этом могут помочь какие-то методы и правила, некоторые из которых можно оговорить заранее, а некоторые выработать в ходе разрешения  конфликтов. Это даст некоторую свободу в принятии решений, но вы все равно будете вынуждены учитывать, что ваши решения могут повлиять на ваши отношения.