Откуда берутся странные привычки, связанные с собственным организмом (грызть ногти, что-то где-то ковырять/отковыривать и т.п.)?

Это из разряда "удовольствия". Правда, удовольствие подобного рода весьма сомнительное, и некоторыми людьми не воспринимается, как удовольствие, но тем не менее это так. Люди, самозабвенно предающиеся подобным занятиям, испытывают наслаждение, как бы странно это не звучало. А вот причиной может быть и одиночество, и отсутствие любви со стороны матери и много чего. Тело человека создано таким образом, что любые манипуляции с ним могут привести либо к получению удовольствия, либо боли. Детям свое тело ближе всего. Они могут извлекать из него массу чувств, как положительного, так и негативного порядка. Но они не знают разницу между ними. Всё, что им приносит удовольствие - хорошо, а хорошо то, что отвлекает их от страха. Поскольку страх и удовольствие у ребёнка - самые сильные чувства, владеющие душой маленького существа.
А потому, родители, детей надо жалеть, ласкать, лелеять, разговаривать с ними, утешать их, охранять их покой. Любите своих детей, - это сделает и вас и их счастливыми людьми.