Откуда берутся странные привычки, связанные с собственным организмом (грызть ногти, что-то где-то ковырять/отковыривать и т.п.)?

Вы назвали привычки, связанные с повреждением своего тела (ногти -- тоже часть тела).

Появляется такая привычка обычно в детстве, когда ребёнок испытывал беспокойство, тревогу и потребность выразить это вовне, воздействовать на что-то или кого-то. Например, родители ссорились, или ребёнок испытывал обиду на маму (папу), ему хотелось выразить свой гнев, но он не мог себе этого позволить. Он научился утилизировать этот гнев, направляя его на своё тело: грызть ногти, ковырять кожу головы и т.п. Это варианты самоповреждения. Иногда они доходят до более тяжёлых и опасных форм, но чаще всё остаётся на уровне "вредной привычки". Это привычка реагировать на стресс, и включаться она может при сдаче экзаменов, при ожидании важного ответа, при переживании после неприятного разговора и т.п.

В итоге такая вредная привычка -- это проблема, лежащая на поверхности, а в глубине -- тревожность и негативные воспоминания. Можно пытаться отучиваться от привычки, но лучше разобраться со своим беспокойством.