Цель медитаций в различных религиозных системах прорыв к неким надмирским духовным высотам. В индуизме это слияние с Брахманом, в буддизме - достижение Ниббаны.
Как правило это связанно с обретением мудрости.
Есть также мЕньшие цели: выход на уровень джхан - иных "квантовых уровней" функционирования сознания. Вход в джханы - достаточно нетривиальное достижение.
Как правило это связано с развитием сосредоточения ума.
И, наверное, можно выделить круг прикладных задач, ради которых в наше время медитирует большинство нерелегиозных людей: обретение спокойствия и снижение уровня стресса.
По поводу прикладного значения медитации в науке сейчас идут исследования. Как правило этот уровень связывают либо с психологией, когда медитация (осознанность прежде всего) используется в психотерапевтических целях, в первую очередь через осознание проблем и переноса их из области бессознательного на сознательный уровень. Либо связывают с выработкой тех или иных видов гормонов. Прежде всего серотонина, допамина и эндорфинов.
Уровень медитаций связанных с джхановыми состояниями сейчас только изучается. В основном выдвигаются гипотезы основанные на анализе снимаемых ЭЭГ мозга у медитирующего человека. Т.е. рассмотрение идёт через возбуждение или торможение тех или иных участков головного мозга и перехода его на те или иные частоты (альфа, беда, тета и т.д.)
Что касается исследования главной цели медитации - соединения с Брахманом, достижения Ниббаны, обретения мудрости и т.п., то на эти цели наука (если конечно это не "альтернативная наука" про которую любят рассказывать на канале РенТВ) не смотрит вообще никак в связи с тем, что постулируемые религиями цели в науке никак не определяется и не считаются существующими.