Насколько я понимаю, тру атеист руководствуется здравым смыслом. А называет себя так потому, что ему безразлично понятие Бога постольку, поскольку оно и неопровержимо, и недоказуемо, и значит его влияние на жизнь человека, в том числе. Хороший качественный атеист -- скептик-сциентист, старается везде применять научный метод.
Тру верующий, кстати, тоже руководствуется здравым смыслом. Но верующий определяет здравый смысл через духовный опыт, то есть через комплекс психоэмоциональных состояний, достигаемых при определенных обстоятельствах, например во время искренней молитвы.
Но это не означает, что тру верующему чужда наука и научный метод.
Наоборот, верующий -- ищущий.