По разному бывает. И конфликты бывают разные и аргументы тоже.
Если доходит до увольнения после конфликта, то возможная причина не лояльность к руководству и невозможность контролировать ситуацию. Если сотрудник открыто выражает агрессию и не уважение. Критикует решения руководителя, делает это публично, то это может лечь в основу желания избавиться от человека, который подрывает авторитет. Иногда движимой силой избавления от сотрудника может служить стыд. Стыд руководителя, который при конфликте повёл себя не этично, например, будет мешать ему работать с человеком, который явился причиной или напоминает об этом.