Более конкретно: откуда известно, что в атомах кремния 28 нуклонов, 14 протонов и нейтронов и 12 электронов, которые еще разбросаны по электронным энергетическим уровням как 2:8:4? Откуда такие подробности? Или это все гипотетически? И еще - каким образом без возможности увидеть атомы узнают химический состав веществ? Тот же песок - откуда известно, что он состоит из кремния и кислорода SiO2?
Немного дополню предыдущие два ответа. Атомы уже вполне можно не только видеть, но и манипулировать ими. Как самый первый пример: логотип IBM, сложенный из отдельных атомов ещё в 1990 году: https://www.ibm.com/ibm/history/exhibits/vintage/vintage_4506VV1003.html
С тех пор разных "атомарных" картинок появилось довольно много, но явного практического применения технология пока не нашла.
это скорее трогать атомы, чем видеть