Время относительно, поэтому нет универсального ответа на вопрос "как течёт время в корабле".
Более того, время принадлежит не к кораблю, а к системе отсчёта. Мы можем рассматривать космический корабль из разных систем отсчёта. На жаргоне мы говорим "время в корабле", но имеем в виду "время в системе отсчёта, связанной с кораблём".
Все системы отсчёта равноправны.
В данном случае существуют две системы отсчёта, одна связана с первым кораблём, другая связана со вторым.
В первой системе отсчёта:
- первый корабль покоится
- события (например, сердцебиения космонавтов) в первом корабле происходят быстрее (занимают меньше времени) чем события во втором корабле
- второй корабль движется
Во второй системе отсчёта:
- первый корабль движется
- события (например, сердцебиения космонавтов) в первом корабле происходят медленнее (занимают больше времени) чем события во втором корабле
- второй корабль покоится
Можно ввести ещё третью систему отсёта, лабораторную, или связанную с Землёй, в которой оба корабля летят навстречу друг другу с одинаковой скоростью. В этой системе отсчёта
- события (например, сердцебиения космонавтов) в обоих кораблях происходят с одинаковой скоростью
Парадокс близнецов заключается не в том, что один космонавт стареет больше другого, а в том, что существует (кажущееся) противоречие между рассуждениями о том, какой именно.
Всякое правильное рассуждение, построенное правильно, даёт правильный результат. Ваше рассуждение на основании симметрии — правильное и полученный в результате него результат — правильный (одинаково).
Разгон корабля влияет не на время, а на правильность рассуждений. Законы специальной теории относительности работают только в так называемых "инерциальных" системах отсчёта. Инерциальная система отсчёта — это система отсчёта, движущаяся равномерно и прямолинейно. Вы можете рассматривать разгоняющийся корабль, но рассматривать его должны из инерциальной системы отсчёта. Если вы свяжете систему отсчёта с таким кораблём, то ваши рассуждения просто станут неправильными.