Как правило понятия есть о чем-либо, т.е. о том, что существует в действительности. И разумеется они возникают в мышлении – в субъекте.
А почему отделяется философия (метафизика) – от науки? Разве философию уже не следует считать наукой?
А отличие в том, что философия (в ее классическо-метафизическом значении) нацелена (прежде всего) на познание, скажем тех же <объективных> платоновских идей (и др. подобных тому сущностей) – от которых (как они полагают) происходит область всего чувственно-воспринимаемого или попросту говоря – те же вещи, тогда как <современный> научный метод неправилен – на познание этих вещей в их материальном выражении, т.е. в том (их) первичном бытии.