Вопрос довольно неоднозначный, а потому он требует весьма развернутого рассуждения. На первый взгляд, если исходить из общепринятого определения метафизики в философских словарях (метафизика это дисциплина, оперирующая сверхопытными сущностями), эта разница лежит на поверхности. Казалось бы, и определение Аристотеля - метафизика находится ПОСЛЕ физики, вне физики, говорит о том же, учитывая что именно с последней мы традиционно связываем все то, что принято полагать научным. Вместе с тем, среди философских (метафизических!) доктрин помимо чисто фантастических есть и такие направления, как скептицизм и эмпиризм, требования к верификации в которых наголову превышают те, что приняты в науке, в том числе и в наиболее строгих научных дисциплинах, типа той же физики. Если науку интересует только опыт (ведь настоящего АПОДИКТИЧЕСКОГО знания она не имеет), то метафизика в лице выше упомянутых течений именно такое знание полагает целью своего исследования. В этом и заключается кардинальное отличие метафизических (СКЕПТИЧЕСКИХ И ЭМПИРИЧЕСКИХ) понятий от научных, которые размыты по определению - потому что размыты сами предметы научного исследования, будучи не вещами, а процессами, противоречивыми и изменчивыми по самой своей природе.