Россия реально оценивала свои силы, но недооценила силы противника.
Собственно, любая война машинной эпохи (пользуясь термином Ленина) состоит из трех элементов.
Первый элемент - геополитический. А именно - расположение противников и международная обстановка. В то время, когда начала складываться обстановка к русско-японской войне (начало века), русские дипломаты и военные вполне реально оценивали положение на Дальнем Востоке и приняли огромные меры для его улучшения. Это А. Строительство Транссиба с веткой КВЖД Б. Аренда Квантунского полуострова, строительство незамерзающей базы Порт-Артур В. Создание Тихоокеанского флота Г. Оккупация Маньчжурии. Вместе с тем отрицательные факторы геополитики Дальнего Востока при дворе было принято недооценивать, положительные - переоценивать. Царское правительство (и Николай II) вполне сознавало, что на Дальнем Востоке Россия находится в дипломатической изоляции, но нисколько не беспокоилось этим. При дворе сложилась целая клика (т.н. "безобразовская клика"), даже настаивавшая на безоглядной решимости в действиях на Дальнем Востоке.
Второй элемент - стратегический. Недооценка сил вероятных противников привела к недооценке их стратегических возможностей, и в конечном итоге - к достижению Японией стратегической внезапности и захвату инициативы на ТВД. Характерно, что за несколько лет до начала войны генерал Куропаткин (военный министр) специально совершил поездку в Японию, официально посетил несколько военных частей и в рапорте (который в российском Генштабе просто положили под сукно) высоко отозвался о подготовке японских войск. Другая характерная черта - то, что российские дипломаты и военные в промежуток от 1895 до 1904 предпочитали действовать нахрапом.
Третий элемент - оперативный. Стратегическая внезапность, достигнутая Японией, привела к тому, что российскому командованию буквально все военные планы приходилось сочинять на ходу. Планы взаимодействия войск и флота, планы обороны Квантунского полуострова, логистику пополнения воинской (и флотской) группировки - ничего этого просто не было. Это логически вело к тому, что сторона, имевшая такие планы (а это были японцы), захватывала инициативу и навязывала выгодный ей ход военных действий.