Мне кажется, что тут зависит от вуза. Лично для меня самой большой проблемой (и, как ни парадоксально, самым большим плюсом моего образования) стал быстрый уход в науку, когда ты постоянно учишься работать с источниками, писать аналитические тексты, но при этом слабо развиваешь исторический кругозор. Я плохо знаю историю Древнего мира и Средних веков, просто потому что эти курсы у меня были слишком короткими (медиевистики практически совсем не было). Конечно, для работы, как правило, достаточно базовых знаний. Важнее уметь правильно сформулировать актуальность своей статьи, чем знать ответы на все вопросы из категории «тыжисторик». Но значимость кругозора никто не отменял.
Ещё одна немаловажная проблема состоит в разобщённости и обособленности научных школ. Скажем, несколько лет тебя учат формулировать методологию таким-то образом, а потом ты поступаешь в магистратуру или просто защищаешь диплом и тебе говорят, что всё совсем не так. И ты сидишь как дурачок и глазами хлопаешь, потерявшись в текстурах)
Ну и не могу не сказать про проблему трудоустройства. Понятно, что гуманитарное образование даёт широкий спектр возможностей. Понятно, что при наличии головы на плечах ты легко найдёшь, куда себя пристроить. Но всё-таки у выпускников практико ориентированных специальностей перспективы трудоустройства куда менее туманны и куда более проработаны. Правда, это, скорее, проблема не столько исторического образования, сколько финансирования науки в целом.