Я бы для начала разделил те проблемы, которые существуют при подготовке "чистых" историков и учителей истории, поскольку к историческому образованию относятся и те, и другие, но проблемы будут разные. Итак, для классического исторического образования одной из главных проблем становится узкая специализация. Студентов-историков изначально ориентируют на исследовательскую работу, они уже с первого курса начинают работать над своей узкой темой, с которой потом выходят на диплом. Из-за этого у многих складывается довольно размытое представление о том, что происходит вне их сферы научных интересов. Все это усугубляется еще и тем, что преподаватели по специальным дисциплинам также являются узкими специалистами, из-за чего, например, курс "История России в XIX веке" превращается в "Историю здравоохранения при Николае I", а все остальные разделы курса проходятся очень поверхностно. При этом выбор темы для исследования студентами, как правило, ограничен научными интересами преподавателей кафедры, из-за чего, конечно, удается создать определенную преемственность, но при этом теряется широта охвата. Вторая проблема связана с тем, что зачастую студенты становятся заложниками внутрикафедральных разборок, когда из-за конфликта преподавателей страдают их подопечные. Из-за этого они с самого начала учатся держать нос по ветру и готовы участвовать в различного рода интригах. Еще одна проблема связана уже с особенностями современных студентов, которые зачастую не могут читать много объемных текстов, а это - одно из важнейших умений историка. И многие преподаватели не учитывают этого, продолжая преподавать по старинке - выдавая огромные списки литературы к каждому семинару, которую в итоге никто не прочитает, либо прочитают крайне поверхностно.
Для подготовки учителей истории проблема другая, она связана с тем, что школьный курс истории слабо соответствует достижениям исторической науки. В результате возникает вопрос, как надо учить - как в школьных учебниках, или так, как говорит современная наука. По своему опыту скажу, что я больше все-таки ориентирую на научное понимание истории, но при этом я знаю, что когда наши выпускники пойдут в школу, им придется в некотором смысле переламывать себя, чтобы соответствовать требованиям различных стандартов. Дальше, у таких студентов гораздо выше нагрузка, в первую очередь за счет дисциплин педагогической и методической направленности, а также большого количества практики. Из-за этого специальные исторические дисциплины получается изучать в куда меньшем объеме, чем у классических историков. Ну и общая беда с неготовностью много читать, это да.