Вообще смотря что считать конкистой. Конкретные испанские экспедиции определенного периода или в целом стартовый период исследования и освоения Антил, юга северной и целиком центральной и южной Америки. Я бы сказал что прямые боевые потери которые б\м можно прикинуть - в разное время в разных местах - от нескольких тысяч максимум до пары десятков тысяч минимум, в сумме в пределах тыщ двухсот на все испанские экспедиции от конца 15 века до конца 16. Слишком маленькие численности сражались со стороны испанцев. А со стороны индейцев - обычно в несколько раз бОльшие максимум. Параллельные потери, включая нон-комбатантов, от болезней, релокаций, голода, стресса и тд сложней прикинуть, тыщ 500 с лишним может быть, может и до миллиона. В целом за период.
Но так жили и воевали вообще все на всех континентах тогда. При этом огромное число индейцев было вовлечено в события на стороне конкистадоров и участвовали по сути в гражданских и межплеменных войнах, которые периодически происходили без всяких колонизаторов и были всегда крайне разрушительны. При этом в относительно "мирное" время индейцы постоянно повоевывали, соревновались в ритуальных играх насмерть, приносили человеческие жертвы и прочими способами "регулировали" свою численность.
Эпидемии и бойни в америке не конкистадоры придумали и исторически огромная часть погибших во время конкист индейцев была бы все равно обречены на насильственную смерть. При этом в период конкисты сложно найти примеры полного истребления какого-либо племени. Кроме Антил. И наоборот легко найти примеры сохранения многочисленности у вроде как сильно пострадавших народов в ближайшие после конкисты периоды.
По интуитивному восприятию сильнее всего пострадавшие во время конкисты народы империй ацтеков и инков никогда после этого не выглядели "истребленными" или малочисленными. И даже кубинские или гаитянские таино какие-нибудь не были поголовно убиты, скорей растворились в ходе этногенетических процессов, утратив идентичность.
И по еще одному интуитивному ощущению уже латиноамериканские независимые от Испании режимы набили индейцев в целом гораздо больше, в том числе руками индейцев бывших гражданами этих режимов. Не считая неизвестно огромного числа индейцев Латинской Америки убитых в ходе между-индейских конфликтов за любой статистический период. Не считая Бразилии и прилегающих регионов соседних стран, которые вплоть до недавнего времени истребляли индейцев руками армии и бандитов, зачищая сельву и прочие глухие места.
Ужас! Хотя, с другой стороны..... голые танцовщицы.... Ничего такого.