Тут надо сразу отметить, что история Византии после правления Юстиниана - это история постепенного упадка и утраты территорий, с редкими периодами стабилизации. Т.е. в отличие от западноевропейских стран или Древней Руси, происходило не дробление государства, а отпадение от него частей, которые в результате полностью выпадали из византийской сферы влияния и даже не считали себя частью большого политического целого.
Во многом Византия сохранила римские традиции в организации управления территориями, что привело к тому, что византийский феодализм существенно отличался от того, что возник в Западной Европе, что уменьшало возможности для сепаратизма. В результате византийские феодалы боролись не за автономию, а за возможность стать императором и правителем всего государства.
Ну и плюс большую роль играл тот факт, что зачастую лояльность местных правителей банально покупалась, причем за очень большие суммы, что в итоге стало одной из причин экономического упадка страны.