Как жили советские ученые в закрытых городах?

По разному.

Вся соль распределения, например, товаров в СССР упиралась в категории снабжения. Разные населённые пункты снабжались по разному. Соответственно, возможно и снабжение города львиной долей товаров имевшихся в фондах, и снабжение в духе "выживайте как хотите". И к закрытым городам - также это относилось. Точно не помню, являлась ли закрытым городом Припять, но она (до катастрофы на ЧАЭС) - хорошая иллюстрация уровня жизни в научном городе с высокой категорией снабжения (то ли особой, то ли первой - тоже точно не помню). Понятно, что склероз меня не оправдывает, но объективно говоря, уровень жизни - по крайней мере - доступности товаров в городах СССР прямо коррелировал с категориями снабжения. Поэтому невозможно дать какой-то интегрированный и универсальный ответ по всем городам СССР (даже по их подмножеству "закрытых научных городов"), т.к. очень многое зависело от того, какая категория снабжения у города.

(Я уже молчу про то, что т.н. "плановая" экономика СССР в разные периоды существования СССР ОЧЕНЬ СУЩЕСТВЕННО отличалась одна от другой между периодами, например, НЭП, экономика времён Сталина, экономика времён Хрущёва, экономика времён Брежнева [я вовсе не про влияние личностей генсеков, а про соответствующие периоды: лично мне - историю СССР очень удобно мерить в "генсеках"] - очень разные экономики, которые обладали разными свойствами, влиявшими на доступность товаров/дефицит - которые в разные годы были отличными от периода к периоду: в одни периоды дефицита в СССР практически не было, а в другие - был и, притом, весьма существенный. Само собой, это не могло не влиять на уровень жизни в разных городах, сообразно их категориям снабжения.)