Вообще самый правильный ответ, исходящий из имеющихся источников (как опубликованных, так и архивных) - потому что Петр I был глубоко верующим православным человеком. Если смотреть его записки, направленные сподвижникам, преамбулы к законодательным актам, то видно, что в них регулярно присутствует обращение к Богу, причем в рамках именно православной традиции. О том же свидетельствует и то, что он часто посещал православные монастыри в рамках своих поездок на север. При этом следует различать взгляды Петра на православие как собственно религию и на сложившуюся непосредственно в России систему как социальный институт. И его религиозные реформы были направлены не на изменение православной догматики, не на подрыв основ веры, а исключительно на исправление тех институтов, которые носили исторический характер. Вот примеры этого.
- Упразднение патриаршества и создание вместо него Священного Синода. Патриаршество как таковое не было исконным институтом ни в церкви вообще, ни в русской православной церкви в частности. В России институт патриаршества вообще существовал чуть более ста лет. И за это время, во многом благодаря ослаблению государственной власти в период Смуты, патриархи смогли укрепить свои позиции, начав вмешательства и в светскую жизнь. А это, с точки зрения Петра, - уклонение в папизм. Введение синодального (т.е. коллегиального) управление православной церковью куда больше соответствовало ветхо- и новозаветной традиции, а потому замена патриарха Синодом - это, с точки зрения Петра, как раз возврат к истинному православию.
- Борьба с монастырским землевладением. Ну, тут все просто. Монашество в России, начиная с XV-XVI веков, фактически превратилось в сословие нахлебников. Как писал по этому поводу Петр (цитата не дословная, но смысловая): "Они говорят, что молятся, ну так и другие тоже молятся". Если изначально монастыри были центрами учености, выполняя и функции "соцзащиты" (заботы о больных, сиротах, стариках), то в России во время Петра это было не так. И монастырские реформы Петра - это опять-таки попытка вернуться к изначальному православию, не ликвидировать монашество как сословие, а поставить его на службу обществу.
Вообще своей основной задачей по отношению к русскому православию Петр I видел возвышение его до уровня католичества и протестантизма: повышение грамотности духовенства (чтобы оно было способно вести богословские споры с католиками и протестантами), усиление прозелитистской деятельности священников и монахов. При этом в догматы православной веры Петр никогда не вмешивался, занимаясь только вопросами совершенствования института церкви с точки зрения его служения обществу.