Почему в Древней Месопотамии номы сформировались в независимые города-государства, а в Египте - в царства(а затем в деспотию)?

Неверны обе предпосылки. Всё было, как у всех, и как всегда. Только, с разной скоростью, и с небольшими местными поправками на специфику, и структурными отклонениями.

И в Древней Месопотамии - всё тоже закончилось империей, агрессией и гибелью, с последующим внешним расселением. И в Древнем Египте - тоже всё начиналось с отдельных поселений.

Но закономерность - всё же существует. Деспотии, тирании, диктатуры - формируются на основании объективных внешних и внутренних причин, прежде всего - как ресурсная государственная монополия, на жизненно важный ресурс.

Это может быть водный ресурс (река, выход к морю), единственные торговые пути (например, единственный горный проход, или переправа через реку, или сеть сухопутных дорог), перекрёсток торговых путей, какие-то уникальные полезные ископаемые, особые климато-географические условия, плодородие почвы, ноу-хау на технологию, военная безопасность, и пр.

После продолжительной борьбы за ресурс, "войны всех против всех", единственный выживший победитель - формирует своё государство, и объявляет монополию на ресурс.

Конкуренты - подавляются безжалостно, военно-политической силой. Население - обрабатывается соответствующей имперской идеологией, как правило - религиозной.

Для управления империей - обязательно выстраивается властно-бюрократическая, иеррархическая пирамида. Она-то - её и губит. Поскольку, в такой пирамиде, происходит "отрицательная селекция": подчиненные отбираются по принципу лояльности к вышестоящим, и конформизма. А компетентность, как правило, вольнодумная - отфильтровывается. Нарастает коррупция.

В результате, управленческая пирамида, с отсевом компетентных специалистов, непрерывно теряет качество управления. Которое пытается компенсировать, своим количественным ростом, наращиванием количество некомпетентной бюрократии.

Эта петля кибернетической обратной связи, положительной (экспоненциально ускоряющей процесс) и отрицательной (стабилизирующей отклонения от тренда), всё более и более затягиваясь, в конечном счёте, и душит империю. Она рушится под собственной тяжестью.

Попытки решить внутренние проблемы - внешней экспансией, непрерывные завоевательные войнами, истощают ресурсы империи на непроизводительные военные расходы. Доходы от завоеваний не компенсируют превышающие их расходы.

И, в конечном счёте, внешние завоевания, наталкиваются на объективный, непреодолимый в данный исторический период, внешний барьер. Когда далее экспансировать - уже некуда.

И тогда - начинает раскручиваться маховик деградации, распада и гибели.

(Основание: принцип необходимого разнообразия Уильяма Росса Эшби, законы для бюрократических систем Паркинсона и Питера, теория Л. Гумилёва об этногенезе)