Какие есть безопасные варианты покупки квартиры с непогашенной ипотекой и остатком долга?

При использовании материнского капитала только 2 банка разрешают выделить доли несовершеннолетним до снятия обременения -Сбербанк, Ак барс банк.

Я вижу такой вариант с наименьшими для вас рисками.

Продавцу рефинансировать ипотеку в Сбербанке, с согласия Сбера выделить доли по маткапиталу всем членам семьи. Получить согласие органов опеки на продажу. 

После этого становится возможна сделка за наличные -выкуп залогового объекта банка. 

Все остальные варианты-погашать за продавца 2 млн., ждать снятия обременения и выделения долей, согласия органов опеки очень затратны по времени +деньгам и нет гарантии, что продавец потом не откажется выходить на сделку или не повысит стоимость объекта. С продавцом может случиться все, что угодно: попадет в больницу или умрет. 

Да, в судебном порядке конечно вы можете настаивать на заключении основного договора купли-продажи, потому что внесли ему предоплату 2 млн. Но суды-это та еще тема(время, деньги и нервы). Денег у продавца нет собственных, чтобы погасить ипотеку. Вот если у него есть иное имущество, которое он может вам предоставить в залог по договору займа на 2 млн., то это будет менее рискованно.

Все эти ваши риски должны быть чем-то компенсированы-ощутимой скидкой например. 

В любом случае надо вместе с продавцом сходить в банк, чтобы убедиться в отсутствии просрочек по кредиту; в органы опеки на консультацию -узнать, согласует ли им опека продажу и на каких условиях. 

Если у вас остались вопросы-пишите в комментарии.