Этот вопрос каждый решает для себя сам. Действительно, в кожуре овощей могут накапливаться вредные вещества, но их можно в значительной степени удалить при тщательной промывке или при замачивании. Даже радионуклиды.
С другой стороны, многие витамины и минералы, а также бОльшая часть клетчатки - той самой, которая так ценится в свежих овощах (и многих фруктах), - содержатся именно в кожуре. Эта клетчатка нужна нашей микробиоте и нашему кишечнику для его нормальной перистальтики.
Если же овощи подвергнутся варке (картошка, свёкла, морковь), то предварительно снимать с них кожуру не обязательно. Всё вредное перейдёт в отвар. Главное его потом слить.