Да, кожуру с овощей лучше снимать, если Вы не знаете где и в каких условиях рос овощ, какими удобрениями обрабатывался и при каком уровне радиации.
Можно ещё вымачивать овощи в содовом растворе, это должно снизить количество нитратов.
Существует также экспресс-тест для быстрого анализа в домашних условиях, который позволяет определить уровень нитратов в ПДК - предельно допустимой норме. Для точного определения концентрации нитратов в образце используется лабораторное оборудование или портативные нитратомеры.