Как защитить свой сайт от странных переходов с социальных сетей и других сайтов с 100% отказами?

Увы, вы правы, есть наблюдения, что подобный трафик провоцирует просадку по позициям. Но у вас не получится открыть пинком дверь офиса Яндекса и Google, чтобы выразить свое недовольство, ибо придется встать в много миллионную очередь..

100% защиты не существует и об этом прекрасно знают разработчики поисковых систем и накрутчики. Вы только зря потратите время, плюс можете навредить сайту, отсеяв реальных пользователей, которые переходят на ваш сайт.

По перспективам исправления ситуации со стороны поисковиков: проблема с накрутками, вряд ли будет решаться в ближайшие годы и я вижу несколько причин:

• так или иначе, в большинстве своем выдача еще особо не захламлена накрученными сайтами (хотя некоторые ниши заметно страдают от накрутчиков),
• а объявления в директе стабильно выкупаются
• акции поисковиков идут вверх,

А значит для поисковых систем нет поводов для беспокойства

Зато поводы есть у вас и они небезосновательны. Что Вебмастера могут предпринять в данной ситуации:

1. что-то из ряда "развивайте свой сайт"
2. делайте тоже самое, что делают другие - крутите (не рекомендую, конечно!)

Первый вариант, собственно и так вами практикуется, но придется поднапрячься еще сильнее, ведь надо нивелировать отрицательные последствия "левых" переходов и еще получить профит от поисковых систем. Т.е. минимум удвоить усилия. Для кого-то это уже нереально.

Второй вариант рискованный и часто зависит от компетенции, либо вашей, либо подрядчика и в этом основной риск. Не рекомендую практиковать этот способ, особенно, если проект кормит вас и вашу семью и он единственный.