Кто как решает проблемы, которые возникают из-за маркетплейсов?

Маркетплэйсы в выдаче из-за большой товарной матрицы (количество товаров - в категориях) и большого охвата ключей, следовательно хотите побороться с ними в выдаче сделайте большую товарную матрицу. И учтите при этом, что покрытие по ключам должно быть, например вы продаете жёсткие диски для ПК, следовательно в категории должны быть товары в разных названиях: Жёсткий диск ...., HDD ....., Твердотельный диск ..., SSD ... , либо вам всю эту плотность нужно задавать как-то иначе, например в фильтр впихивать или в какое-нибудь тегирование.

Мало товаров - тягаться с ними нет смысла. Но можно наплодить несуществующих (типа нет в наличии).

Это в какую сторону копать и думать, а так все немного сложнее)