При оценке эффективности SEO косвенно обращаю внимание на рост или падение числа ключевых запросов, чтобы сравнить с ростом или падением продаж в целом или по отдельным товарным группам.
Но основные параметры это изменение органического трафика и его конверсия в целевые действия (продажа, подписка, обращение и т.д.)
Оценить ROI можно только с определенной степенью погрешности. Так как
Во-первых индексация поисковиками не мгновенная и занимает порой до 2х месяцев. Провести прямую зависимость расходов в результат индексации можно только с определенной (не очень большой) степенью точности.
И во-вторых, на SEO влияют факторы, на которые компания не несет затрат. Это могут быть хорошие (плохие) публикации в СМИ или у блогеров.
Третьим пунктом оцениваю изменение времени нахождения на сайте гостей с органики и количество страниц посещаемых ими. Если путь короткий, времени провел мало, то и догонять его таргетом уже смысла мало - пришел по нерелевантному запросу.