Почему практически всегда парты стоят в классе в три ряда и друг за другом? Можно ли по-другому?

Конечно можно. Например, в ВУЗах может быть огромная аудитория, где будут длинные ряды парт, бывает и без особых промежутков. Как думаете, намного удобней? Да, если прыгать через парту, а не пробираться сквозь сидящих других людей. Еще бывают "нетрадиционные" виды обучения, ну например, вместо обычного урока, групповое [развлечение] занятие, когда все будут сидеть по кругу. Так что, лучше пусть они стоят в свои три ряда, велосипед и колесо заново изобретать дело непростое.)