Почему практически всегда парты стоят в классе в три ряда и друг за другом? Можно ли по-другому?

Конечно можно, но классы строили для определённого количества учеников и парты размещали оптимально плотно, а чтобы ставить по-другому, надо менять концепцию урока. У нас по физике, химии и биологии вообще широкие столы были в два ряда, а по физре - большой зал на два класса в подвале для высоты, кабинет пения с роялем, кино - класс со шторами на окнах.