Что необходимо изменить в системе контроля исполнения нормативно-правовых актов РФ, чтобы законы работали ?

Извините за такое восприятие, но Вы задали уравнение со многими неизвестными. 

Первое, что смущает - это вопрос, чтобы законы работали. Эта часть Вашего вопроса предполает, что закон, который по Вашему мнению должен работать, должен отвечать каким-то критериям качества - термин - юридическая техника. Это подразумевает, чтобы закон был написан четким, понятным языком, чтобы можно было его толковать однозначно и он не вступал в противоречие с другими законами и нормативными актами. Как Вы понимаете, таким критериям ни один закон в настоящее время не отвечает и достигнуть этого невозможно, так как, это идеальное условие. Хотя максимально приблизиться возможно. Самый яркий пример вышеизложенного, когда Верховный Суд задумал создать единый гражданско-процессуальный кодекс из собственно ГПК и арбитражно-процессуального кодекса, а в итоге получилось 3 гражданско-процессуальных кодекса, добавили кодекс административного судопроизводства, и уже несколько лет этот же Верховный суд бьётся  сам с собой и не может установить четкие границы примения этих процессуальных кодексов. По моему мнению это самый яркий пример неудачного законотворчества.

Второй момент в Вашем вопросе - это эффективность действий власти. Не будем тут выделять отдельно исполнительную, законодательную и судебную. Здесь важную роль в эффективном управлении играет системность, то есть, такая модель управления, в которой все составные элементы взаимно дополняли друг друга, были четко расписаны полномочия и компетенции, и не было такого чтобы полномочия органов власти противоречили друг другу, или были пробелы в исполнении властных полномочий.

Отсюда вывод, чтобы законы выполнялись необходимо построить эффективную систему права и эффективную систему управления. Роль отдельной личности в создании эффективной системы исполнения закона, Я не отрицаю, но выглядеть это будет следующим образом: некий эффективный управленец, несмотря на несовершенное законодательство и пороки управления, ценой неимоверных усилий добивается выполнения закона в некоем конкретном случае. Звучит, по моему мнению смешно.

А теперь второй вариант. Да я конечно описал идеальные (практически недостижимые) условия функционирования государственной власти и законодательства. Но представим такую ситуацию, что у нас в стране существует не идеальная, но эффективная система управления и и эффективное законодательство, тогда получается, что средней подготовленности управленец без значительных затрат может решить практически любую задачу.

Не знаю, как вам, для меня второй вариант предпочтительнее.

Считаю, что необходимо системно работать над модернизацией систем управления и законодательством. При этом  делать это необходимо планомерно в отношении всего массива как законодательства так и всех органов управления. В настоящее время такой работы не ведётся, поправки в законодательство вносятся фактически рефлекторно. Самый яркий пример: произошел расстрел в образовательном учреждении, сразу бросились править закон об оружии. И таких примеров множество …