Согласно ч.2 ст. 2.1 КоАП РФ Юридическое лицо признается виновным в совершении административного правонарушения, если будет установлено, что у него имелась возможность для соблюдения правил и норм, за нарушение которых настоящим Кодексом или законами субъекта Российской Федерации предусмотрена административная ответственность, но данным лицом не были приняты все зависящие от него меры по их соблюдению.
Полагаю, что подлежит учету и правовая позиция, изложенная в п. 16.1 Постановление Пленума Высшего Арбитражного Суда РФ от 2 июня 2004 г. N 10 "О некоторых вопросах, возникших в судебной практике при рассмотрении дел об административных правонарушениях".
Согласно упомянутому пункту ПП ВАС РФ, при рассмотрении дел об административных правонарушениях арбитражным судам следует учитывать, что понятие вины юридических лиц раскрывается в
части 2 статьи 2.1 КоАП РФ. При этом в отличие от физических лиц в отношении юридических лиц КоАП РФ
формы вины (
статья 2.2 КоАП РФ) не выделяет.
Следовательно, и в тех случаях, когда в соответствующих статьях
Особенной части КоАП РФ возможность привлечения к административной ответственности за административное правонарушение ставится в зависимость от
формы вины, в отношении юридических лиц требуется лишь установление того, что у соответствующего лица имелась возможность для соблюдения правил и норм, за нарушение которых предусмотрена административная ответственность, но им не были приняты все зависящие от него меры по их соблюдению (
часть 2 статьи 2.1 КоАП РФ). Обстоятельства, указанные
части 1 или
части 2 статьи 2.2 КоАП РФ, применительно к юридическим лицам установлению не подлежат.
Таким образом, в Вашем случае оценке подлежит были ли приняты учреждением ВСЕ зависящие от него меры по соблюдению предписания в установленный срок.
Соответственно, если в установленный в предписании срок не уложились (сроки не продлевались), то доказывайте обозначенное обстоятельство.