Есть ли практический смысл регистрировать авторские права на учебный курс?

Авторские права возникают в силу создания произведения и не регистрируются.

При этом что подразумевается под "авторским курсом"? Если это книга, то это литературное произведение, если это видео, то это аудиовизуальное произведение - у них разные режимы охраны.

Запатентовать методику преподавания в настоящее время нельзя, поскольку методика как некий набор приёмов не соотносится ни с одним из предусмотренных частью 4 Гражданского кодекса РФ объектов интеллектуальной собственности.

IV часть полна проблем, как теоретических, так и практических, чёткий ответ с инструкцией при такой постановке вопроса едва ли возможно дать. 

Если требуется решить конкретную задачу о защите вашего авторского курса,  лучше прийти к юристу, занимающемуся интеллектуальной собственностью, подробно описать задачу - что представляет собой курс, что именно вы хотите защитить, и от кого вы защищаетесь.