Решила написать ответ в виде своеобразного рейтинга. Наиболее часто у моих учеников случались трудности с: 1) постановкой ударения в словах. Многие первое время даже игнорировали графическое ударение и пытались читать так, как им казалось уместнее; 2) сложно понять разницу между случаями и ситуациями употребления imperfecto и pretérito perfecto simple (indefinido); 3) согласование времен тоже дается не всегда легко; 4) в целом переход от indicativo к subjuntivo требует больших усилий.
Безусловно, если предлагать подобную классификацию, нужно учитывать уровень учащихся, но я предлагаю более общий ответ.