Во-первых, потому, что мужчина веками был более социально значим. И то, что он так или иначе (совсем не обязательно именно анально) исполняет женскую роль, говорит о понижении его социального статуса. Недаром, те мужчины,, которые исполняют активную роль в гомосексе часто не только не осуждаются обществом, но и могут являться высокорейтинговыми самцами.
Женщина же ничего не значила для социума. Она все равно так или иначе принадлежала мужчине. Поэтому вопрос ее сексуальных пристрастий вообще не рассматривался как что-то важное или определяющее.
Кроме того мужская гомосексуальность была иногда и политически окрашена. Именно поэтому, кстати, в УК РСФСР ввели статью, делающую именно мужеложство вне закона. (Смешно, но даже когда Советская республика легализовала гомосексуальность, в уголовных кодексах Азербайджана, Абхазии и Грузии в разделах о половых преступлениях, осталась преемственность царского запрета на добровольные однополые отношения, который объяснялся их «большой распространённостью»)
Ну и конечно сильно подгадила церковь. Именно благодаря ей во многих странах было введено антигомосексуальное законодательство. Опять-таки, опираясь на религиозные тексты, написанные явно больными людьми, направленное именно против мужчин.