Это прежде всего зависит от формы фамилии и ее распространенности в регионе. Например, фамилии, образованные от личных мужских имен - это, в сущности, отчетства. Например, "Иванов" - это просто "сын Ивана". Разумеется, даже в соседних деревнях могли жить два совершенно чужих друг другу Ивана. Фамилия Кузнецов или Попов обычно давалась детям кузнеца, священника - они тоже в разных селах были совершенно разными родами.
Если же фамилия не входит в число распространенных в данном регионе, то с большой вероятностью ее носители имели общего предка.