Про пенсию здесь все уже написали, да и не такое это уж ограничение - можно добровольно копить на пенсию и докупать баллы.
Но я бы, в качестве подводного камня, выделил также ограничение на виды деятельности - самозанятые могут только оказывать услуги и торговать продукцией собственного производства. В случае если захочется расширить сферу деятельности, например, торговать не только своей продукцией или нанять помощников - формально надо менять режим.