Добрый день! В том случае, который вы описали в вопросе - это не альтернативная сделка, где в договоре купли-продажи предусматривается условие невозможности регистрации одной сделки без другой (ст. 157 ГК РФ сделка под условием). У вас условно "альтернативная" сделка, то есть по факту две отдельных сделки. Поэтому разрешение ситуации, где продаваемая квартира зарегистрирована, а покупаемая нет, мне видится в устранении причин не регистрации покупаемой, а если причина не устранима, то оперативный поиск другой квартиры. Удачи!