Вам нужно оформить декларацию в режиме - налоговый резидент. Вне зависимости от того как долго вы пробыли физически в России. Тот факт, что вас на территории России не было (и вы стали нерезидентом) никто проверять не будет. Тем более, если за вами остается постоянная регистрация.
Норма про резидентов/не резидентов рассчитана на очень честных налогоплательщиков. Которые вместо 13% с вычетами готовы отдать 30% без вычетов. Не очень понятно зачем. Тем более никакого механизма взаимодействия налоговиков и таможенников не существует. Теоретически налоговая может установить факт вашего отсутствия в России. Но для этого нужно направлять запрос в таможенный органы и выяснять когда вы уезжали, приезжали и т. д.
Если в вашей декларации будет написана хоть какая то сумма налога к уплате делать это никто не будет. Проверить каждого декларанта на предмет его присутствия (или отсутствия) в России физически невозможно.
P.S. Работодателю также не стоит говорить о том, что вы нерезидент.