Мука становится более однородной, разбиваются слежавшиеся комки, которые требуют дополнительной внимательности при замешивании теста. Если мука не высшего сорта или цельнозерновая в ней допускаются остатки не пищевой шелухи или не промолотой оболочки, которые остаются на сите при просеивании. И, наконец, самое неприятное и недопустимое - в долго хранившейся открытой или заражённой производителем муке могут жить и мучная моль, и долгоносики , и хрущи. В этом случае муку нужно попросту признать непригодной в пищу и утилизовать.
Ну и, самый частый и на мой взгляд - не имеющий никакой практической доказанности ответ: «Просеянная мука насыщается кислородом и лучше поднимается в дрожжевом хлебе» - пусть будет и такое мнение.