Что такое аннигиляция, как она происходит? Где ещё, кроме физики, используют это слово и что оно значит в каждом случае?

Насколько я помню, смысл определения аннигиляции в превращении всей внутренней энергии тела в свет. В буквальном смысле, вряд-ли, где-то кроме физики можно применить это понятие.

А в качестве аллегории, где угодно и сколько угодно.

Изучено это явление в той степени, в какой физикой изучен микромир вообще и свет в частности. С учётом того, что запомненное со школы - свет, самая тёмная часть физики, не сильно изменилось, можно спокойно утверждать, что до полного изучения ещё изучать и изучать.