Штучная и кропотливая работа, до которой обычно руки не доходят.
Это я о фавиконах, где 16х16. (Возникает даже ностальгия по созданию растровых шрифтов для DOS :)
Я обычно сложный логотип даже и не пытаюсь вписать, а играю брендовыми цветами, если есть, или базовыми цветами сайта.
Длинный текстовый логотип можно иногда сократить до главного символа.
Делаю GIF по старинке: сначала прикидываю на клетчатой бумаге, потом в фотошопе попиксельно.
Для бОльших размеров рисую обычно в кореле.