Мутация важна как первый шаг эволюции, потому что она создает новую последовательность ДНК для определенного гена, создавая новый аллель. Но не следует забывать, что рекомбинация также может создавать новую последовательность ДНК (новый аллель) для конкретного гена посредством внутригенной рекомбинации. Важно помнить, что к макроперестройкам приводят, главным образом не простые мутации нуклеотидов, а эпимутации (изменение ковалентных модификаций цитозинов и аденинов), которые релаксируют хроматин, дерепрессируя мобильные генетические элементы, часто повинные в перемене последовательности за счет встраивания собственной. Любопытно, что эпимутации могут быть первичны по отношению к традиционным мутациям, поскольку именно они способны делать участки хромосом уязвимыми к воздействию мутагенов. Утрата метилирования цитозинов или избыточное ацетилироавние гистонов ведут утрате гетерохроматина, что в какой-то степени увеличивает риск спонтанных и индуцированных мутагенами перестроек.