Если благоприятные условия вредят животным, то почему природа сделала животных милыми?

Природа никого не делает МИЛЫМ. Милый - это субъективная оценка определённых качеств внешности, или характера другого человека или животного.  

Прирученное животное, особенно, если ты ухаживал за ним с его детства - кажется нам милым, вследствие задействования наших  родительских инстинктов, и парохиальности (раз уж живёт с нами и является членом НАШЕЙ стаи).  

Многие с/х и декоративные породы животных - кажутся нам милыми потому, что сохраняют во взрослом состоянии - детские черты. Задействуя в нас всё те же родительские инстинкты. 

Целесообразнее было бы в вопросе  о диких животных - заменить слово милый, на слово красивый… Тогда можно было бы говорить о положительной эмоциональной оценке адаптивных качеств животного. Поскольку именно  черты адаптивности и здоровья  - воспринимаются нами, как красивые (на биологическом уровне, но не нужно забывать о том, что понятие красоты - биосоциально).  

С чего бы нам с вами решить, что благоприятные условия - вредят животным? Может быть вы имели в виду - НЕТИПИЧНЫЕ для истории развития вида условия? 
А благоприятные условия - как раз таки способствуют активизации и интенсификации процессов размножения.  На то они и благоприятные!  Те же волки в зоопарке - настолько интенсивно "размножаются" - что их приходится стерилизовать… И удалять на время гона с глаз почтенной публики… 

Даже сельскохозяйственные животные - более продуктивны именно в благоприятных условиях кормления и содержания.  Сделайте условия на птицеферме - неблагоприятными для кур - какой яйценоскости вы добьётесь?  

А ПЕРЕКАРМЛИВАНИЕ животных, вплоть до ожирения и последующего отказа от размножения - к благоприятным условиям отнести нельзя… Это вредные, нетипичные для эволюции вида условия.  К ним животные не адаптированы…